晚清时期，英军入侵广州。而此时，三元里的一处古刹，竟惊现僵尸袭人，闹得全城人心惶惶。接连不断的僵尸袭击事件，也影响到了鸦片的入境，令英军首领罗伯茨大怒。为绝后患，罗伯茨带领英军歼灭僵尸，然而在前往古刹的路上，却被僵尸群重创，英军死伤过半。罗伯茨便命令广州巡抚王平之带领中国军队去剿灭僵尸。胆小怕事的王平之无奈之下只能请回被革职的巡检袁士诚。为保证广州城百姓的安全，袁士诚带领巫医一同前往古刹，却发现了另一个秘密...

南宋年间，通古县前任县令为了一己私利，利用“河神”为幌子暗中掳掠儿童，百姓惶惶不安，在其蛊惑下纷纷相信用孩童祭祀“河神”可以平息灾祸。宋慈受命来到通古，向百姓一再申明祭祀河神纯属无稽之谈，并保证一定会查出事情真相，他的到来使得老县令感觉到了威胁。在老县令的授意下，其党羽对宋慈阳奉阴违，并暗中施以压迫，企图神不知鬼不觉的将宋慈了结。在一波接一波的危险降临在宋慈身上时，孩童还在不断失踪，这使得老百姓对宋慈失去了信任，逼宋慈赶紧祭河神。宋慈顶着多方的压力，抽丝剥茧地调查，利用自己高超的法医学手段让尸体“开口说话”，逐渐锁定了真凶，并发现了背后的巨大阴谋。最终，宋慈不惜以性命相搏将真凶绳之以法。